Okužbe urogenitalnega trakta s Chlamydio trachomatis so najpogostejše SPO.

Pri moških se 1-3 tedne  po okužbi pojavi prozoren sluzast izcedek, ki je običajno najobilnejši v jutranjih urah pred prvim uriniranjem, ob tem imajo pogosto pekoč občutek pri uriniranju, redkeje bolečine v testisih ali boleče ejakulacije. Pri ženskah se pojavi izcedek iz sečnice ali nožnice, ki je najprej prozoren, kasneje pa gost rumen, ob tem lahko ima pekoč občutek pri uriniranju, boleče spolne odnose, krvavitve med spolnim odnosom, ter bolečine v spodnjem delu trebuha. Težave so lahko stalne, se ponavljajo v zagonih ali spontano izzvenijo. Pri ženskah okužba pogosto poteka brez težav, zato imajo pogosteje kronično obliko okužbe, ki predstavlja izvor širjenja okužbe. Nezdravljena kronična okužba lahko vodi v neplodnost.

Okužbo dokažemo z metodo PCR- dokaz genetskega materiala bakterije v prvem jutranjem urinu, brisu sečnice, pri ženskah tudi brisu materničnega vratu ali nožnice. Okužbo običajno zdravimo z antibiotikom v enkratnem odmerku. Kontrolno preiskavo urina ali brisa opravimo 1 mesec po zdravljenju.